全国を6ブロックに分けてブロック長を置き、ブロック内の支部との協議、連絡調整を行っています。また、毎年1回、ブロック持ち回りで｢全国医療法人経営セミナー｣を開催しています。

　本部と全国各地の会員との連帯を図るため、各都道府県を単位とした会員をもって組織する支部を設け、支部活動を行っています。
＞支部名簿

　本協会・日本病院会・全日本病院協会・日本精神科病院協会の四団体にて 四病院団体協議会（四病協）を設け、医道の高揚、病院医療の発展向上を図り、国民の保健・ 医療・福祉の増進に寄与することを目指し、医療制度、医療経済、税制等について各委員会を設置の上、協議し、日本医師会と協調して国会・関係行政機関に対し要望を行っています。

　関連のある委員会等に委員を送り当協会を代表して意見を述べ審議に参画しています。

　日本医師会、日本医療機能評価機構、医療経済研究機構、医療研修推進財団、医療関連サービス振興会、日本医業経営コンサルタント協会、日本メディカル給食協会、等に役員、委員を送り各団体の事業に参画しています。